医保基金清算是一项基础性工作，对于按病组（DRG）和按病种（DIP）支付方式改革落地、提高基金使用效率，促进医疗、医保、医药协同发展具有重要意义。
2025年底，国家医保局启动医保基金清算提质增效三年行动计划，按照国家统一部署，所有统筹地区将于2026年5月底前完成2025年度清算工作，到2027年所有统筹地区将于4月底前完成2026年度清算，到2028年将实现所有统筹地区3月底前完成上年度清算的目标任务。2026年共有山西太原、内蒙古通辽等113个统筹地区率先试点。
截至2026年3月31日，全国30个省份（含新疆生产建设兵团）共154个统筹地区完成上年度清算，覆盖率达全国统筹区总数的39%，超额完成试点任务。其中，吉林白山、浙江宁波等43个非试点地区主动对标试点标准同步完成清算任务。山东、宁夏、北京、河北、海南、天津、河南等7个省（区、市）完成全省（区、市）清算。通过基金清算提质增效，清算资金提前到位，大大缓解定点医药机构的运营压力，让医院能够更专注于提升诊疗服务，让参保群众看病更安心。
